Aina Windows 10:n julkaisusta lähtien on käyttäjien yksityisyydensuoja ollut yksi suurimmista käyttöjärjestelmän kysymysmerkeistä. Samaisesta syystä myös vanhemman Windows 7:n suosio käyttäjien keskuudessa on yhä voimissaan.
Yhtenä ongelmallisena piirteenä Windows 10 lähettää käyttäjästään automaattisesti huomattavan määrän telemetriatietoja, joihin käyttäjällä on mahdollisuus vaikuttaa vain rajallisesti. Lähtökohtaisesti Microsoft kerääkin tietoja käyttäjän näppäinten painalluksista, aloitusvalikon sovelluksista ja tehdyistä kirjanmerkeistä.
Puutteet käyttäjien yksityisyydensuojassa on huomioitu viime aikoina varsinkin Hollannin viranomaisten toimesta, jotka ovat vaatineet Microsoftia tekemään enemmän työtä käyttäjien yksityisyyden suojaamiseksi. Viranomaisten mukaan käyttäjille on muun muassa usein epäselvää, mitä tietoja heistä kerätään, eikä tietoturvavaihtoehtoja ole tuotu tarpeeksi näkyvästi käyttäjien ulottuville.
Vaikka Microsoft on päivitysten myötä selkeyttänyt tietoturva-asetuksia, eivät käyttäjän tallentamat muutokset pysy aina voimassa. Esimerkiksi, jos käyttäjä on aikaisemmin kieltänyt telemetriatietojen lähettämisen Microsoftille ja tämän jälkeen päivittänyt Windows 10:n Creators Updaten koneelle, nollautuvat aikaisemmin tehdyt tietoturva-asetukset.
Microsoft on itse vastannut hollantilaisviranomaisten kritiikkiin toteamalla käyttäjädatan keräämisen perustuvan ensisijaisesti Windowsin kehittämiseen ja painottaen käyttäjille tarjottuja uusia työkaluja yksityisyydestä huolehtimiseen. Samalla Microsoft on julkaissut faktadokumentin, jolla se oikoo hollantilaisviranomaisten virheellisiksi katsomiaan väittämiä. Käyttäjiä varten on myös julkaistu kaksi YouTube-videota, joïssa näytetään Windows 10:n yksityisyysasetusten muuttaminen tietokoneella.