IPhonen käyttöjärjestelmäongelmat eivät tunnu jättävän käyttäjiä rauhaan. Applen tukifoorumilla on raportoitu ongelmista, jotka koskevat uusinta 9.2 -käyttöjärjestelmäpäivitystä.
Käyttäjät kertovat etenkin ongelmista liittyen langattomiin wifi-verkkoihin. Puhelinten kerrotaan tippuvan verkosta jatkuvalla syötöllä. Vastaavia ongelmia ei ilmene, kun wifi kytketään pois päältä ja esimerkiksi nettivideoita katsotaan mobiilidatayhteydellä.
Ongelmia on ollut myös Applen musiikkisovelluksessa. Se on kaatuillut ilman syytä toistuvasti käyttäjien iPhone 6- ja 6S -puhelimissa. Lisäksi podcastit ja audiokirjat ovat lopettaneet yllättäen toimintansa kesken käytön. Myös puhelut ovat katkeilleet.
Käyttäjät ihmettelevät toistuvia ongelmia iOS-alustassa. Osa käyttäjistä kertoo vaihtavansa Android-puhelimeen, jos ongelmiin ei saada korjausta. Moni on sitä mieltä, että Applen ohjelmistojen laatu on heikentynyt viime aikoina selvästi.